為許多主物都具有的主物化學反應，例如能量代謝及氨基酸、蛋白質、核酸的合成等，均稱為初級代謝（primary metabolism）。與此不同，只在一定范圍內主物的特異的代謝，則為次級代謝。在次級代謝的產物中，對維持生命占有重要地位的并不少，但另一方面，各種動植物和微生物所大量積累的生物堿、類萜（ferpenoid）、酚類、抗菌物質、色素等，其生理意義并不完全清楚。次級代謝產物許多是在胚胎發(fā)育的特定時期以及其他特定組織中產生的，所以產物在經濟效益上以及對生物體性狀表現的調節(jié)在研究上都被看成是重要的。
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